Многие задаются вопросов как влияют сквозные ссылки на тИЦ, один говорят почти никак, другие с пеной у рта доказывают что влияют и ещё как, показывая примеры и пытаясь иногда даже продать свою методику. А стоит всего лишь открыть помощь Яндекса и найти раздел о тематическом индексе цитирования и всё встанет на свои места:
Где чётко написано:
Поскольку в тИЦ учитывается только вес внешних интернет-ресурсов, ссылающихся на заданный, тИЦ не может быть увеличен ни за счет «внутренних» ссылок (с одних страниц ресурса на другие), ни за счет расположения нескольких ссылок на одной или нескольких страницах одного и того же «внешнего» ресурса. При расчете тИЦ одного из разделов сайта (директорий) ссылки на раздел сайта из других разделов этого сайта будут считаться внутренними и, следовательно, не будут увеличивать его тИЦ. При этом ссылки на каждый из разделов сайта учитываются (объединяются) при подсчете тИЦ всего сайта.
p.s. Также советую полностью прочитать справку Яндекса, не только касательно тиЦ, но и индексации, склейки и других полезностей и нарушений.